Piri Reis'in haritasının sırları arasında en bilineni, Antarktika'nın buzsuz olarak çizilmiş olması iddiasıdır. Diğer sırlar ise şunlardır: - Modern coğrafi bilgilerin varlığı: Harita, 16. yüzyılda bilinen coğrafi bilgilerden daha ileri düzeyde detaylar sunmaktadır. - Batık kıtalara ilişkin teoriler: Bazı teorisyenler, haritada yer alan kara parçalarının eski uygarlıkların yaşadığı batık kıtalar olabileceğini ileri sürmektedir. - Kuzey Amerika'nın olmayışı: Haritada Kuzey Amerika hakkında neredeyse hiç bilgi yoktur. - Hassas boylam bilgileri: Haritadaki boylam bilgileri, dönemin teknolojisiyle elde edilmesi zor olan bir hassasiyettedir. - Haritanın bir bölümünün eksik olması: Haritanın günümüze ulaşan bölümü, aslında çok daha geniş bir dünya haritasının bir parçasıdır.