• Buradasın

    Moleküler docking yöntemi nedir?

    Yazeka

    Arama sonuçlarına göre oluşturuldu

    Moleküler docking (kenetleme) yöntemi, bir hedef ile ligand arasındaki etkileşim enerjilerini ve bağlanma afinitelerini hesaplayarak öngören bir yöntemdir 15.
    Bu yöntem, yapıya dayalı ilaç tasarımında (SBDD) yaygın olarak kullanılır 15. Protein hedefinin üç boyutlu (3B) yapısı mevcut olduğunda tercih edilir 1.
    Moleküler docking'in temel amaçları:
    • Yapısal tanıma: Olası bağlanma modlarını bulmak 1.
    • Enerji tahmini: Bağlanma afinitesini tahmin etmek 15.
    Bu yöntem, başlangıçta küçük molekül (ligand) ve hedef makromolekül (protein) arasında gerçekleştirilmek üzere tasarlanmış olsa da son yıllarda protein-protein, nükleik asit (DNA ve RNA)-ligand moleküler docking çalışmaları da yapılmaktadır 1.
    Moleküler docking için Dock, GOLD, AutoDock, rDock gibi yazılımlar kullanılır 12.
    5 kaynaktan alınan bilgiyle göre:

      Yanıtı değerlendir

      5 kaynak

      1. dockinglab.com
        1
      2. azolifesciences.com
        2
      3. iaanalysis.com
        3
      4. jscimedcentral.com
        4
      5. en.wikipedia.org
        5

    Konuyla ilgili materyaller

    Moleküler ve kristal yapı nedir?

    Moleküler yapı, kuvvetli bağlarla bağlanmış atomların, birbirleriyle zayıf bağlanarak bir arada bulunduğu yapıdır. Kristal yapılar, kendi içerisinde şu türlere ayrılır: İyonik kristaller: Pozitif ve negatif iyonların elektrostatik çekim kuvvetiyle bir arada tutulduğu katılardır. Moleküler kristaller: Moleküllerin zayıf etkileşimler ile bir arada bulunduğu katılardır. Kovalent kristaller: Atomların güçlü kovalent bağlarla bağlandığı katılardır. Metalik kristaller: Metal atomlarının elektron denizi içerisinde pozitif iyonların bulunduğu yapılardır. Amorf katılar, taneciklerinin belirli bir düzen göstermediği katılardır.
    5 kaynak

    Moleküler yapı modelleri kaça ayrılır?

    Moleküler yapı modelleri, iki boyutlu ve üç boyutlu modeller olarak ikiye ayrılır. İki boyutlu modeller: Lewis yapıları: Atomları kimyasal sembollerle ve aralarındaki elektron bağlarını çizgilerle gösteren iki boyutlu temsillerdir. Bağ çizgi yapıları: Organik kimyada, özellikle karbon ve hidrojen atomlarının uzun zincirlerinin bulunduğu büyük molekülleri modellemek için kullanılır. Üç boyutlu modeller: Top ve çubuk modelleri: Atomlar arasındaki üç boyutlu ilişkileri gösterir. Boşluk doldurma modelleri: Top ve çubuk modellerini daha da ileri götürerek atomları atom yarıçaplarının oranını koruyacak şekilde tasvir eder.
    5 kaynak

    Moleküler kenetlenme nedir ilaç tasarımında?

    Moleküler kenetlenme (docking), ilaç tasarımında bir ligandın makromoleküle olan bağlanma enerjisini ve ligandın kovalent olmayan etkileşimler ile makromoleküle bağlandığı durumdaki konformasyonunu tahmin etmek için kullanılan bir yöntemdir. İlaç tasarımında moleküler kenetlenmenin kullanım amaçları şunlardır: Reseptör bağlanma bölgesi içindeki doğal ligand pozunun tahmini. Fizikokimyasal moleküler etkileşimlerin doğru bir şekilde tahmin edilmesi. Büyük bileşik kütüphanelerindeki ligand moleküllerinin sanal taraması ile yeni inhibitörlerin keşfi. Moleküler kenetlenme, 1980'lerin başından beri kullanılmaktadır ve protein hedefinin üç boyutlu yapısı mevcut olduğunda tercih edilen bir araçtır.
    5 kaynak

    Moleküler simülasyon yöntemleri nelerdir?

    Moleküler simülasyon yöntemlerinden bazıları şunlardır: Lattice Boltzmann Method (LBM). Moleküler Dinamik (MD). Monte Carlo Simülasyonu. Ayrıca, INDO, ZINDO, SINDOI, PM3, AM1, CNDO, Hückel, Extended Hückel, MINDO, PRDDO, SAMI, Fense – Hall Method, PM3/TM, Gaussian Theory gibi moleküler simülasyon yöntemleri de bulunmaktadır. Moleküler simülasyon yöntemleri, kimya, biyokimya, malzeme bilimi ve ilaç tasarımı gibi birçok alanda kullanılmaktadır.
    5 kaynak