• Buradasın

    Moleküler docking yöntemi nedir?

    Yazeka

    Arama sonuçlarına göre oluşturuldu

    Moleküler docking yöntemi, iki farklı molekül arasındaki etkileşimleri belirlemek amacıyla kullanılan bir biyoinformatik hesaplama yöntemidir 12.
    Bu yöntem, genellikle bir protein ve bir ilaç molekülü arasındaki etkileşimleri incelemek için kullanılır 1. Docking süreci, iki molekülün birbirine en uygun pozisyonlarını bularak aralarındaki enerjiyi minimize etmeye çalışır 1.
    Docking yönteminin adımları:
    1. Konformasyon ve oryantasyon üretimi: Ligandın bağlanma bölgesi ile birden fazla olası konformasyon ve oryantasyonu oluşturulur 2.
    2. Puanlama: Her bir öngörülen poza, molekülün hedefe yüksek afiniteyle bağlanma olasılığını belirlemek için bir puan atanır 2.
    Moleküler docking, ilaç keşif sürecinde önemli bir rol oynar ve yeni aday moleküllerin geliştirilmesinde sanal taramalara olanak tanır 23.
    5 kaynaktan alınan bilgiyle göre:

      Yanıtı değerlendir

      5 kaynak

      1. dockinglab.com
        1
      2. azolifesciences.com
        2
      3. iaanalysis.com
        3
      4. jscimedcentral.com
        4
      5. en.wikipedia.org
        5

    Konuyla ilgili materyaller

    Moleküler ve kristal yapı nedir?

    Moleküler yapı, kuvvetli bağlarla bağlanmış atomların, birbirleriyle zayıf bağlanarak bir arada bulunduğu yapıdır. Kristal yapılar, kendi içerisinde şu türlere ayrılır: İyonik kristaller: Pozitif ve negatif iyonların elektrostatik çekim kuvvetiyle bir arada tutulduğu katılardır. Moleküler kristaller: Moleküllerin zayıf etkileşimler ile bir arada bulunduğu katılardır. Kovalent kristaller: Atomların güçlü kovalent bağlarla bağlandığı katılardır. Metalik kristaller: Metal atomlarının elektron denizi içerisinde pozitif iyonların bulunduğu yapılardır. Amorf katılar, taneciklerinin belirli bir düzen göstermediği katılardır.
    5 kaynak

    Moleküler kenetlenme nedir ilaç tasarımında?

    Moleküler kenetlenme, ilaç tasarımında, küçük moleküllerin (ligandların) hedef proteinlerle nasıl etkileşime girdiğini tahmin etmek için kullanılan hesaplamalı bir tekniktir. Bu yöntem, aşağıdaki adımları içerir: 1. Etkileşim Simülasyonu: Ligand ve hedef protein arasındaki en kararlı ve uygun bağlanma geometrisinin simüle edilmesi. 2. Algoritma ve Yazılım Kullanımı: İki molekül arasındaki bağlanma enerjisini ve ligand ile hedefin tamamlayıcılığını hesaplayan algoritmalar ve yazılımların kullanılması. İlaç tasarımında moleküler kenetlenmenin önemi, geniş bileşik veritabanlarını tarayarak, belirli hedef proteinlere bağlanma potansiyellerini tahmin etmek ve terapötik etkiler sergileme olasılığı olan ilaç adaylarını belirlemektir.
    5 kaynak

    Moleküler yapı modelleri kaça ayrılır?

    Moleküler yapı modelleri, iki boyutlu ve üç boyutlu modeller olarak ikiye ayrılır. İki boyutlu modeller: Lewis yapıları: Atomları kimyasal sembollerle ve aralarındaki elektron bağlarını çizgilerle gösteren iki boyutlu temsillerdir. Bağ çizgi yapıları: Organik kimyada, özellikle karbon ve hidrojen atomlarının uzun zincirlerinin bulunduğu büyük molekülleri modellemek için kullanılır. Üç boyutlu modeller: Top ve çubuk modelleri: Atomlar arasındaki üç boyutlu ilişkileri gösterir. Boşluk doldurma modelleri: Top ve çubuk modellerini daha da ileri götürerek atomları atom yarıçaplarının oranını koruyacak şekilde tasvir eder.
    5 kaynak

    Moleküler simülasyon yöntemleri nelerdir?

    Moleküler simülasyon yöntemlerinden bazıları şunlardır: Lattice Boltzmann Method (LBM). Moleküler Dinamik (MD). Monte Carlo Simülasyonu. Ayrıca, INDO, ZINDO, SINDOI, PM3, AM1, CNDO, Hückel, Extended Hückel, MINDO, PRDDO, SAMI, Fense – Hall Method, PM3/TM, Gaussian Theory gibi moleküler simülasyon yöntemleri de bulunmaktadır. Moleküler simülasyon yöntemleri, kimya, biyokimya, malzeme bilimi ve ilaç tasarımı gibi birçok alanda kullanılmaktadır.
    5 kaynak