Makedonya'nın "Makedonya" olarak adlandırılmasının nedeni, krallığı kuran Makedon kabilesinin taptığı Zeus’un oğlu tanrı Makedon’dan gelmektedir. Ayrıca, 1944 yılında, İkinci Dünya Savaşı sonunda, Yugoslavya Federal Halk Cumhuriyeti’nin kurulmasıyla birlikte, Vardar Makedonya’sı, Tito’nun ve Yugoslavya Komünist Partisinin isteği üzerine federasyon dâhilinde ayrı bir cumhuriyet olarak ilan edilmiştir. Ancak, Yunanistan, kendi sınırları içinde Slav-Makedon etnik kökene sahip bir grubun yaşadığını reddetmekte, dolayısıyla böyle bir problemin varlığını kabul etmemektedir. Yunanistan, Makedonya Cumhuriyeti'nin bu adı kullanmakla "tarihi tahrif ettiği" görüşünü savunmuştur.