Stereomikroskop ve bileşik mikroskop arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Büyütme ve Çözünürlük: Bileşik mikroskoplar daha yüksek büyütme (40x ile 1.000x arasında) ve çözünürlük sunar. 2. Kullanım Amacı: Bileşik mikroskoplar, ince, şeffaf örnekleri (hücreler, bakteriler) incelemek için kullanılır. 3. Optik Sistem: Bileşik mikroskoplarda tek lens bulunurken, stereomikroskoplarda iki eksenli lens sistemi sayesinde derinlik algısı ve üç boyutlu görüntüleme sağlanır.