Afinite kromatografisi, karmaşık karışımlardan belirli biyomolekülleri ayırmak ve saflaştırmak için kullanılan bir ayırma tekniğidir. Afinite kromatografisinin kullanım alanlarından bazıları şunlardır: Enzim, hormon, antikor, nükleik asit ve spesifik proteinlerin saflaştırılması. Farklı terapötik etkiler gösterebilen ilaçların bireysel optik izomerlerinin izolasyonu. Araştırma laboratuvarlarında ve endüstrideki laboratuvarlarda serum proteinleri, membran proteinleri, hücre çekirdeğindeki proteinler, reseptörler, hücreler ve rekombinant proteinler gibi çeşitli biyomoleküllerin saflaştırılması. Afinite kromatografisinin, yüksek seçicilik özelliğine sahip olması, hızlı ve kullanımının kolay olması açısından diğer yöntemlere göre bazı ayrıcalıkları vardır.