Laboratuvarlarda çeşitli bölümler bulunmaktadır, bunlar arasında: 1. Restorasyon ve Konservasyon Bölümü: Numunelerin alınması, test ve analiz raporlarının hazırlanması. 2. Numune Kabul Bölümü: Numunelerin teslim alınması, analiz için uygunluğunun değerlendirilmesi. 3. Genel Kimya Laboratuvarı: Yapıdan alınan numuneler üzerinde temel analizler yapılması. 4. Petrografi Laboratuvarı: Harç, sıva ve taş numunelerinin mikroskobik incelenmesi. 5. HPLC Laboratuvarı: Numunedeki organik maddelerin tür tespitinin yapılması. 6. SEM-EDX Laboratuvarı: Malzeme numunelerinin anorganik kimyasal yapılarının belirlenmesi. 7. Odun Anatomisi Laboratuvarı: Ahşap numunelerin hücre düzeninin mikroskobik incelemesiyle tür teşhisi. 8. Fizikomekanik Laboratuvarı: Taş, harç ve sıva numunelerinin fiziksel ve fizikomekanik özelliklerinin belirlenmesi. 9. XRD Laboratuvarı: Yapı malzemelerinin X-ışını kırınım yöntemiyle analiz edilmesi. Ayrıca, tıbbi laboratuvarlarda ise biyokimya, mikrobiyoloji, hematoloji, immünoloji gibi bölümler de bulunmaktadır.