Joubert sendromu, genetik mutasyonlar nedeniyle ortaya çıkar . Bu mutasyonlar, birden fazla gende bulunabilir ve genellikle otozomal resesif bir kalıtım desenine sahiptir .
Neden olan genler, primer silia adı verilen yapıların oluşturulmasında ve işlevlerinde rol oynar . Primer silialardaki deformasyonlar, hücreler arası kimyasal iletişimin çökmesine yol açar .
Joubert sendromuna yol açabilecek diğer faktörler arasında, Aşkenazi Yahudileri ve Fransız-Kanada ile Hutterite topluluklarında görülen genetik yatkınlık da bulunmaktadır .