Fuji Dağı'nın hikayesi çeşitli efsaneler ve tarihi olaylarla doludur: 1. Kaguyahime Efsanesi: Bir bambu kesicisi, Fuji Dağı'nın eteklerinde parlayan bir bambu bulur ve içinden Kaguyahime adında bir kız çıkar. 2. Raungu Efsanesi: Efsaneye göre, Fuji Dağı bir zamanlar Raungu adında bir ejderha tarafından korunurmuş. 3. Tanrıça Konohana Sakuya Hime: Şintoizm'de Fuji Dağı, Konohana Sakuya Hime adlı çiçeklerin tanrıçasının evi olarak kabul edilir. 4. Aşk Hikayesi: Bir diğer efsane, bir samurayın, Fuji Dağı'nın eteklerinde sevdiği kadınla buluşmak için her yıl tırmanmasını ve onunla sadece bir gün geçirebilmesini anlatır. Ayrıca, Fuji Dağı'nın tarihi boyunca Japon ruhsal uygulamalarının merkezi olduğu ve kutsal bir dağ olarak görüldüğü de bilinmektedir.