Ex vivo ve in vivo arasındaki temel fark, deneylerin yapıldığı ortam ve organizmanın durumudur: In vivo, "canlı bir organizmada" anlamına gelir ve deneylerin, organizmanın doğal ortamında, tüm canlı üzerinde yapılmasını ifade eder. Ex vivo, "canlının dışında" anlamına gelir ve deneylerin, organizmadan doğrudan alınan doku veya organlar üzerinde, doğal koşullara minimum müdahale ile laboratuvar ortamında yapılmasını ifade eder. In vitro ise "cam içinde" anlamına gelir ve deneylerin, organizmadan izole edilen hücreler veya bileşenler üzerinde, genellikle petri kabı veya test tüpü gibi laboratuvar araçlarında yapılmasını ifade eder.