Hermafroditizme neden olan genler genellikle kromozom bozukluklarından kaynaklanır. Bu bozukluklar arasında: 45+XX ve 45+XY kromozom yapıları bulunur; bu durumlarda cinsiyet kromozomlarının yapısı 46 yerine 45'tir. Turner sendromu (45+X0) gibi diğer genetik varyasyonlar da hermafroditizme yol açabilir. Ayrıca, konjenital adrenal hiperplazi, aromataz enziminin eksikliği veya fazlalığı gibi genetik mutasyonlar da bu duruma katkıda bulunabilir. Hermafroditizmin kesin nedeni her zaman bilinmeyebilir; bazı durumlarda çevresel faktörler de rol oynayabilir.