Hayvan anatomisi, farklı açılardan çeşitli şekillerde ayrılabilir: Öğretim metoduna göre: Anatomia systematica (sistematik anatomi); Anatomia topografica (topografik anatomi); Anatomia chirurgica (cerrahi anatomi); Surface anatomi (yüzey anatomisi); Estetik anatomi. Hayvan türüne göre: Hippotomia (at anatomisi); Kynotomia (köpek anatomisi); Ruminantia anatomisi (geviş getirenler anatomisi); Sus anatomisi (domuz anatomisi); Aves anatomisi (kanatlı anatomisi). Ayrıca, veteriner anatomisi, evcil hayvanlar için Nomina Anatomica Veterinaria (NAV) sistemine göre de ayrılabilir. Hayvan anatomisi, aynı zamanda vücut bölümleri ve sistemlere göre de ayrılabilir: iskelet, kas, sinir ve dolaşım sistemleri gibi.