Fotofosforilasyon ve kemofosforilasyon arasındaki temel fark, enerji kaynağı ve gerçekleştiği süreçtir: Fotofosforilasyon: Enerji kaynağı: Işık enerjisidir. Gerçekleştiği süreç: Fotosentez yapan hücrelerde, özellikle bitkiler, algler ve bazı bakterilerde gerçekleşir. Kemofosforilasyon: Enerji kaynağı: Organik veya inorganik moleküllerin oksidasyonu (kimyasal reaksiyonlar). Gerçekleştiği süreç: Kemosentetik üretici canlılarda görülür. Bu nedenle, fotofosforilasyon güneş ışığı gerektiren bir süreçken, kemofosforilasyon organik ürünlerin oksitlenmesiyle elde edilen enerjiyi kullanır.