Fotosentez ve kemosentez arasındaki temel farklar şunlardır: Enerji kaynağı: Fotosentez güneş ışığını enerji kaynağı olarak kullanırken, kemosentez kimyasal bileşiklerin oksitlenmesini enerji üretimi için kullanır. Pigment: Fotosentezde klorofil pigmenti bulunurken, kemosentezde klorofile ihtiyaç yoktur. Oksijen üretimi: Fotosentez oksijen üretirken, kemosentezde oksijen atmosfere verilmez. Gerçekleştiği ortam: Fotosentez ışığın ulaşabildiği, kara ve suda yaşayan canlılarda gerçekleşirken, kemosentez özellikle ışığın ulaşmadığı derin deniz tabanları gibi karanlık ve ekstrem koşullarda yaşayan bakterilerde görülür. Gerçekleşme zamanı: Fotosentez yalnızca gündüz gerçekleşirken, kemosentez hem gece hem de gündüz gerçekleşebilir.