E-faturada seri ve numara şu şekilde olmalıdır: Seri numarası, her seri kendi içerisinde müteselsil olacak şekilde oluşturulmalıdır. Numara başlangıcı, harf ile yapılabilir, ancak Türkçe karakter kullanılamaz ve büyük harf kullanılmalıdır. Portal kullanıcıları, seri numarasını ilk kestikleri faturada istedikleri bir seri ile başlatabilirler. Yükleme modülü kullananlar, seri numarası için "FYS" ön ekini kullanmak zorundadır. Özel entegrasyon ve entegrasyon yöntemi kullananlar, organizasyon yapıları içinde birden fazla seri kullanabilir, ancak her seri kendi içerisinde numara/tarih müteselsilliğini sağlamalıdır. E-fatura numarası, belgenin üst kısmında veya firma bilgileri altında bulunur ve "Fatura No" ya da "e-Fatura No" başlığıyla belirtilir. Fatura seri ve numarası ile ilgili detaylı bilgi almak için GİB (Gelir İdaresi Başkanlığı) ile iletişime geçilmesi önerilir.