Eyyubi ve Selçuklu askeri teşkilatları arasında bazı temel farklar bulunmaktadır: 1. Ordu Yapısı: Eyyubi ordusu ağırlıklı olarak kara ordusuna dayanırken, Selçuklu ordusu hem kara hem de deniz kuvvetlerini içeriyordu. 2. Memluk Sistemi: Eyyubiler, Türklerden satın alınan ve eğitimden geçirildikten sonra azat edilen memluk sistemini kullanırken, Selçuklular da bu sistemi uygulamış ancak daha önce Abbasiler tarafından da denenmişti. 3. İkta Sistemi: Hem Eyyubiler hem de Selçuklular, askerlerin beslenmesi ve savaşa hazır tutulması için ikta sistemini kullanmıştır. 4. Savaş Taktikleri: Eyyubi ordusu, Ortaçağ'daki diğer İslam ve Türk devletlerinde olduğu gibi beşli savaş düzenine göre hareket ederken, Selçuklu ordusu da benzer taktikler kullanmıştır. 5. Donanma: Eyyubiler'in, Fatımi tecrübesinden faydalanarak oluşturduğu bir donanması varken, Selçuklular'da donanma daha az önemliydi.