Agaroz jel elektroforezi, DNA moleküllerinin ayrımı, tanımlanması ve saflaştırılması için kullanılan standart bir yöntemdir. Çalışma prensibi: DNA, negatif yüklü fosfat grupları nedeniyle elektrik alanında anoda doğru hareket eder. Moleküllerin göç hızı; büyüklük, yapı, agaroz konsantrasyonu, iyonik güç ve uygulanan akıma bağlıdır. Kullanım amaçları: saflaştırma; saflık kontrolü; moleküler ağırlık saptama; kalıtsal veya kalıtsal olmayan hastalık tanısı; bir enzimin izomerlerinin saptanması; immünoloji ve moleküler biyoloji. Avantajları: basit ve hızlı olması; diğer yöntemlerle ayrılamayan DNA fragmentlerinin ayrılmasını sağlaması. Dezavantajları: proteinler ve çok küçük DNA fragmentlerinin analizinde kullanışlı olmaması; poliakrilamid jellere göre daha uzun süre alması ve daha zor hazırlanması.