Eğitim Sen Üniversiteler Şubesi, üniversitelerin eğitim ve bilim emekçilerinin haklarını koruma ve geliştirme amacıyla faaliyet gösterir. Bu şubenin yaptığı bazı işler şunlardır: Toplu sözleşme görüşmeleri: Toplu sözleşme için anlaşma sağlar ve gerektiğinde Kamu Görevlileri Hakem Kurulu'na başvurur. Kültürel faaliyetler: Eğitim alanında çeşitli sosyal ve bilimsel etkinlikler düzenler. Hizmet tesisleri: Eğitim ve sağlık tesisleri, dinlenme yerleri, spor alanları gibi hizmet tesisleri kurar veya kurulmasına yardımcı olur. Yasal destek: Üyelerinin idare ile ilgili doğacak ihtilaflarında hukuki yardım sağlar. Örgütlenme: Vakıf üniversitelerinde çalışan akademisyenlerin sendikal örgütlenmelerini destekler.