Ege Denizi'nin en derin noktası, Doğu Girit ile Kerpe (Karpatos) Adası açıklarında yer almakta olup, yaklaşık 3.543 metre derinliğe sahiptir. Ayrıca, Ege Denizi'nin en derin yerlerinden biri de İkarus Çukuru (Icarus Deep) olarak bilinir ve Sisam (Samos) Adası açıklarında bulunup, yaklaşık 3.500 metre derinliğe ulaşır.