Dokuzuncu Hariciye Koğuşu romanının hikaye haritası şu şekilde özetlenebilir: Birinci Bölüm: 15 yaşındaki hasta genç, dizindeki kemik veremi hastalığı nedeniyle iki ameliyat geçirmiş ancak iyileşememiştir. Doktoru, ona tekrar ameliyat olmasını tavsiye eder, ancak bu ameliyatın bacağını kaybetme riski vardır. Genç, bu kötü haberi annesinden saklar ve yaz tatilini uzaktan akrabası olan Paşa'nın Erenköy'deki köşkünde geçirmeyi düşünür. İkinci Bölüm: Köşkte misafir olduğu günlerde, Paşa'nın kızı Nüzhet ile arasındaki duygusal yakınlık güçlenir. Ragıp isimli bir doktor, Nüzhet'e talip olur; bu durum birkaç gün çocuktan gizlenir. Üçüncü Bölüm: Nüzhet'in annesi evlilikten yanadır, ancak Paşa'nın endişeleri vardır. Durum ortaya çıktıktan sonra Paşa, genç adama fikrini sorar ve genç adamın yaş farkına atıfta bulunarak olumsuz düşünceler ifade eder. Dördüncü Bölüm: Nüzhet'in annesi, kızına hasta gençten mikrop kapabileceğini söyleyip onu uzak durması için uyarır. Beşinci ve Altıncı Bölüm: Üzüntüsü nedeniyle hastalığı ağırlaşan genç ile Dr. Mithat ilgilenir. Uzun süre hastanede yatıp birkaç ameliyat geçirdikten sonra iyileşme umudu olabileceği söylenince "Dokuzuncu Hariciye Koğuşu"na yatar ve gördüğü tedavi sonucu bacağı kesilmekten kurtulur. Roman, 6 bölüm ve 44 kısımdan oluşur.