Cis-trans izomeri, bir moleküldeki fonksiyonel grupların uzaydaki yönelimlerini tanımlayan bir stereoizomer türüdür. Cis izomeri, ikili bağa sahip komşu karbonlardaki grupların düzlemin aynı tarafında olması durumudur. Trans izomeri ise bu grupların düzlemin farklı taraflarında bulunması durumudur. Cis-trans izomeri, hem organik hem de inorganik bileşiklerde, özellikle diazenlerde ve koordinasyon bileşiklerinde görülebilir.