Stereoizomerler ve yapısal izomerler arasındaki temel fark, atomların uzaysal düzenlemesidir: Yapısal izomerler (zincir izomerleri), aynı moleküler formüle sahip olup, atomlarının bağlanma düzeni farklı olan bileşiklerdir. Stereoizomerler, aynı kimyasal formüle ve atomlar arasındaki bağlara sahip, ancak atomların uzaysal düzenlemeleri farklı olan moleküllerdir. Stereoizomerler, enantiyomerler (birbirinin ayna görüntüsü olan) ve diastereomerler (ayna görüntüsü olmayan) olarak ikiye ayrılır.