Yapı izomeri, aynı moleküler formüle sahip ancak molekül içindeki atomların düzeni farklı olan bileşiklerin sergilediği izomerizm türüdür. Bu tür izomerizm üç ana kategoriye ayrılır: 1. Zincir İzomerizmi: Molekülün karbon iskeleti farklı şekillerde düzenlenir. 2. Pozisyon İzomerizmi: Aynı fonksiyonel gruplar farklı karbon zincirlerinde bulunur. 3. Fonksiyonel Grup İzomerizmi: Bileşikler aynı moleküler formüle ancak farklı fonksiyonel gruplara sahiptir.