Cerrahpaşa, İstanbul Üniversitesi'nden 5 Mayıs 2018 tarihinde ayrılan bir devlet üniversitesi olarak kuruldu. Ayrılığın nedeni, yükseköğretime çeşitliliği getirmek amacıyla uygulanan "Misyon Farklılaşması ve İhtisaslaşma Projesi" kapsamında Cerrahpaşa'nın "Araştırma ve Aday Araştırma Üniversiteleri"nden biri olarak belirlenmesiydi.