Çapa Tıp Fakültesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: 1. Dahili Bölümler: Adli Tıp, Aile Hekimliği, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Deri ve Zührevi Hastalıklar, Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon, Göğüs Hastalıkları, Halk Sağlığı, İç Hastalıkları, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Kardiyoloji, Nöroloji, Nükleer Tıp, Radyasyon Onkolojisi, Radyoloji, Ruh Sağlığı ve Hastalıkları, Spor Hekimliği, Sualtı Hekimliği ve Hiperbarik Tıp, Tıbbi Ekoloji ve Hidroklimatoloji, Tıbbi Farmakoloji, Tıbbi Genetik. 2. Cerrahi Bölümler: Ağız, Yüz ve Çene Cerrahisi, Anesteziyoloji ve Reanimasyon, Beyin ve Sinir Cerrahisi, Çocuk Cerrahisi, Genel Cerrahi, Göğüs Cerrahisi, Göz Hastalıkları, Kadın Hastalıkları ve Doğum, Kalp ve Damar Cerrahisi, Kulak Burun Boğaz Hastalıkları, Ortopedi ve Travmatoloji, Plastik, Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahisi, Tıbbi Patoloji.