Restriksiyon endonükleaz (veya kısıtlama enzimi), belirli bir DNA dizisini tanıyan ve bu dizi içindeki veya bitişiğindeki DNA'yı parçalayan bir nükleaz enzimidir. Bu enzimler, bakterilerin doğal savunma mekanizmasının bir parçasıdır ve bakteriye giren yabancı DNA'ları kesip etkisiz hale getirebilirler. Restriksiyon endonükleazların beş ana tipi vardır: tip I, tip II, tip III, tip IV ve tip V.