Nehirlerde baraj yapılması, çeşitli doğal dengeleri bozar: Ekolojik denge: Barajlar, akarsuların doğal akış düzenini bozarak ekosistemi olumsuz etkiler. Toprak verimliliği: Barajlar, alüvyonların birikimini engelleyerek kıyılardaki deltaların verimliliğinin düşmesine neden olur. İklim: Barajların bulunduğu bölgede nem artar ve bu durum bitki ve hayvan çeşitliliğinde değişikliklere yol açar. Su kalitesi: Baraj gölündeki oksijen bakımından fakir dip sular, mansaptaki su kalitesini etkiler. Kıyı yapısı: Barajlar, kıyılara taşınan sediman miktarını azaltarak kıyı erozyonuna yol açar. Sismik aktivite: Barajlar, yer kabuğu üzerinde gerilme oluşturarak sismik aktiviteye neden olabilir.