Bandırma Koyunculuk Araştırma Enstitüsü, büyükbaş ve küçükbaş hayvancılık ile su ürünleri alanlarında çeşitli disiplinlerde araştırma çalışmaları yürütmektedir. Enstitünün başlıca görevleri şunlardır: Verimlilik ve üretim artışı: Melezleme, ıslah, yetiştirme teknikleri, tabii ve suni tohumlama ile embriyo transferi konularında araştırmalar yapmak. Hayvan refahı: Bakım-besleme, sürü idaresi teknikleri ve barındırma sistemleri konularında geliştirme faaliyetlerinde bulunmak. Genetik koruma: Evcil hayvan genetik kaynaklarının korunması ve sürdürülebilir kullanımı konularında çalışmalar yapmak. Hastalık teşhisi ve tedavisi: Su ürünleri hastalıklarının teşhis, tedavi ve balık sağlığı konularında araştırmalar gerçekleştirmek. İklim değişikliği etkileri: İklim değişikliğinin hayvancılık ve su ürünleri üretimine etkilerini belirlemek üzere araştırmalar yapmak.