Atom çekirdeği ile atomun diğer kısımları arasındaki temel farklar şunlardır: Konum: Çekirdek, atomun merkezinde yer alırken, elektronlar çekirdek etrafında belirli enerji seviyelerinde hareket eder. Bileşim: Çekirdek, pozitif yüklü protonlar ve yüksüz nötronlardan oluşur. Kütle: Çekirdek, atomun kütlesinin büyük bir kısmını oluşturur. Elektrik Yükü: Çekirdek pozitif yüklüdür, elektronlar ise negatif yüklüdür. Ayrıca, atomun büyük bir kısmı boşluktan oluşur; bu boşlukta elektronlar bulunur.