Ernest Rutherford, atomun çekirdeğini, çekirdekte yüksüz nötronlar ile pozitif yüklü protonların toplandığını ve çekirdeğin etrafında elektronların yer aldığını keşfetmiştir 124.

Rutherford, 1911 yılında gerçekleştirdiği deneylerde ince altın folyo tabakasına pozitif yüklü parçacıklar göndermiş ve parçacıkların büyük bir kısmının folyodan düz bir şekilde geçerken az bir kısmının ise büyük açılarla saptığını gözlemlemiştir 34. Bu çalışmalar neticesinde, atomların merkezde yoğun ve küçük pozitif yüklü bir çekirdeğe sahip olduğu sonucuna varmıştır 34.

Protonun keşfini ise Rutherford'un doktora öğrencisi James Chadwick 1932 yılında gerçekleştirmiştir 12.