Antikitera mekanizmasının kaybolmasının nedeni, denizin dibinde, batığın çevresine saçılmış halde bulunması ve ilk yıllarda yeterince tanınmamasıdır 135.

1900 yılında, Elias Stadiatos adlı bir Yunan süngerci, Antikythera adası açıklarında eski çağlardan kalma bir yük gemisi batığı keşfetti 15. Batıktan çıkarılan mekanizma, başlangıçta aşınmış bir metal yığını olarak fark edilmedi ve iki yıl boyunca diğer daha dikkat çekici buluntularla birlikte bir depoda saklandı 345.

Mekanizmanın önemi, 1902 yılında arkeolog Valerios Stais tarafından anlaşıldıktan sonra, Atina'daki Ulusal Arkeoloji Müzesi'ne götürüldü 34. Ancak, deniz suyundan çıkarıldıktan sonra korunmaya yönelik yöntemler henüz yeterince gelişmediği için, mekanizma bozularak yok oldu 1.

Günümüzde, Antikythera mekanizmasının sadece üç büyük parçası ve bazı küçük parçaları korunabilmiştir 45.