Ankara Üniversitesi, 14 enstitüye bağlıdır: 1. Adli Bilimler Enstitüsü; 2. Biyoteknoloji Enstitüsü; 3. Eğitim Bilimleri Enstitüsü; 4. Fen Bilimleri Enstitüsü; 5. Gıda Güvenliği Enstitüsü; 6. Hepatoloji Enstitüsü; 7. Hızlandırıcı Teknolojileri Enstitüsü; 8. Kanser Araştırma Enstitüsü; 9. Kök Hücre Enstitüsü; 10. Nükleer Bilimler Enstitüsü; 11. Sağlık Bilimleri Enstitüsü; 12. Sosyal Bilimler Enstitüsü; 13. Su Yönetimi Enstitüsü; 14. Türk İnkılap Tarihi Enstitüsü.