Sağlık Bilimleri Enstitüsünde bulunan bazı bölümler şunlardır: Tıp: Anatomi, Histoloji ve Embriyoloji, Nükleer Tıp, Tıbbi Mikrobiyoloji gibi alanlarda yüksek lisans ve doktora programları. Hemşirelik: Cerrahi Hastalıkları Hemşireliği, Halk Sağlığı Hemşireliği, Psikiyatri Hemşireliği gibi alanlarda yüksek lisans ve doktora programları. Eczacılık: Biyokimya, Farmakoloji, Fitoterapi, Klinik Eczacılık gibi alanlarda yüksek lisans ve doktora programları. Veterinerlik: Genetik, Dölerme ve Suni Tohumlama, Doğum ve Jinekoloji gibi alanlarda lisansüstü eğitim programları. Sağlık Bilimleri: Sağlık Yönetimi, Sağlık Politikası, Ekonomisi ve Yönetimi gibi alanlarda lisansüstü eğitim. Beden Eğitimi ve Spor Bilimleri: Spor Yönetimi, Antrenörlük Eğitimi gibi alanlarda yüksek lisans ve doktora programları. Diş Hekimliği: Pedodonti, Ortodonti gibi alanlarda yüksek lisans ve doktora programları. Ayrıca, multidisipliner ana bilim dalları da bulunmaktadır, örneğin Biyomekanik, Moleküler Tıp, Sinirbilimler gibi.