Agora filmi, 4. yüzyılın sonlarında Roma İmparatorluğu'nun Mısır'daki İskenderiye kentinde geçen ve din ile bilim arasındaki ilişkiyi ele alan tarihi bir dramadır. Filmin ana konusu şu şekilde özetlenebilir: Hypatia'nın Hayatı: Film, kendini felsefe ve bilime adamış Hypatia'nın hayatından kesitler sunar. Dini Kargaşa: Hristiyanlık hızla yayılırken, Hristiyanlar ve Paganlar arasında çatışmalar başlar. Kütüphane Tahribatı: Hristiyanlar, kütüphaneyi ele geçirir ve içindeki yüzbinlerce el yazması kitabı yakar. Hypatia'nın Sonu: Hypatia, dinsiz ve cadı olmakla suçlanır, linç edilir ve vücudu parçalara ayrılarak sergilenir. Film, aynı zamanda toplumsal tabakalaşma ve eşitsizliği de ele alır.