Afyon Askeri Lisesi, diğer askeri liselerle birlikte, 15 Temmuz darbe girişimi sonrasında FETÖ ile mücadele kapsamında 31 Temmuz 2016'da Resmi Gazete’de yayımlanan 669 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kapatıldı. Milli Savunma Bakanı Fikri Işık, bu kararın gerekçesini, askeri liselerde eğitim gören öğrencilerin %95'inin FETÖ ile ilişkili olduğunu belirterek açıkladı.