Üç Domain Sistemi, canlıların sınıflandırılmasında kullanılan ve Carl Woese tarafından 1990 yılında önerilen bir sistemdir. Bu sistem, canlıları üç ana domain altında toplar: 1. Archaea: Prokaryotik hücrelere sahip, ekstrem ortamlarda yaşayabilen tek hücreli organizmalardır. 2. Bacteria (Bakteriler): Ayrıca prokaryotik hücrelere sahip olup, peptidoglikan içeren hücre duvarına sahiptirler. 3. Eukarya: Ökaryotik hücrelere sahip, zarla çevrili çekirdek ve organelleri bulunan kompleks canlılardır. Bu sistem, rRNA (ribozomal RNA) yapılarındaki farklılıklara dayanarak oluşturulmuştur.