Doğal (filogenetik) ve yapay (ampirik) sınıflandırma arasındaki temel farklar şunlardır: Dikkate Alınan Özellikler: Yapay sınıflandırmada canlıların dış görünüşleri ve yaşadıkları yer dikkate alınır. Doğal sınıflandırmada ise canlıların tüm özellikleri (anatomik, fizyolojik, genetik vb.) dikkate alınır. Organ Benzerliği: Yapay sınıflandırmada analog organlar (görevleri aynı, kökenleri farklı organlar) dikkate alınır. Doğal sınıflandırmada ise homolog organlar (kökenleri aynı, görevleri farklı veya aynı olan organlar) dikkate alınır. Gözlem Türü: Yapay sınıflandırmada nitel gözlem yapılır. Doğal sınıflandırmada hem nitel hem de nicel gözlem yapılır. Adlandırma: Yapay sınıflandırmada bilimsel adlandırma kullanılmaz. Doğal sınıflandırmada iki kelimeden oluşan tür ismi kullanılarak adlandırma yapılır. Geçerlilik: Yapay sınıflandırma günümüzde geçerliliğini yitirmiştir. Doğal sınıflandırma günümüzde geçerli olan sınıflandırma biçimidir.