Buradasın
Pierto Web Sitesi ile Proteinlerin Üç Boyutlu Homoloji Modellemesi
youtube.com/watch?v=pe5NhSDBTmsYapay zekadan makale özeti
- Kısa
- Ayrıntılı
- Bu video, proteinlerin üç boyutlu homoloji modellemesini yapmak için Pierto web sitesinin kullanımını adım adım gösteren bir eğitim içeriğidir.
- Video, Pierto web sitesinin tanıtımıyla başlayıp, protein homoloji modellemesi için gerekli dosyaların nasıl yükleneceğini, arayüzün nasıl kullanılacağını ve sonuçların nasıl indirileceğini detaylı şekilde anlatmaktadır. Ayrıca normal ve intensive mod seçenekleri arasındaki farklar açıklanmakta ve sonuçların yorumlanması için temel bilgiler verilmektedir. Video, biyoinformatik alanında protein modellemesi yapmak isteyenler için pratik bir rehber niteliğindedir.
- 00:09Protein Homoloji Modellemesi İçin Pireto Web Sitesi
- Proteinlerin üç boyutlu homoloji modellemesini yapabilmek için birçok uygulama ve web sitesi geliştirilmiştir.
- Pireto, proteinlerin üç boyutlu homoloji modellemelerini yapmak için kolayca erişilebilir, arayüzü basit ve ücretsiz bir web sitesidir.
- İşlemlere başlamadan önce bilgisayarda sıkıştırılmış dosyaları açabilmeniz için WinRAR gibi bir arşiv yöneticisinin olması gerekir.
- 00:40Pireto Web Sitesinin Kullanımı
- Tarayıcı üzerinden Pireto aratılarak anasayfasına bağlanılır ve basit arayüz kolayca anlaşılabilir ve uygulanabilir.
- E-mail adresi kısmına sonuçların gönderileceği mail adresi girilir ve is tanımı kısmına çalışılan gene ailesine ait gen adı ve peptid dizisi not defterinden kopyalanıp yapıştırılır.
- Aminoasit dizisi boşluğuna çalışılacak gene ait peptit dizisi başlığı olmadan FASTA formatında eklenir.
- 01:45Modelleme Seçenekleri ve İşlem
- En alt kısımda normal ve intensive iki farklı seçenek bulunmaktadır.
- Normal seçeneğinde alfa helik yapıları birbirinden daha ayrı ve uzak konumlanırken, intensive seçeneğinde (yoğunlaştırılmış) alfa heliks yapıları birbirine daha yakın ve sıkı konumlanır.
- Bu yoğunlaştırılmış seçenek biyofermatik analizlerde tercih edilen bir durumdur ve işlem tamamlandıktan sonra sonuçlar belirttiğiniz mailinize genelde onaltı saat içinde gelir.
- 03:07Sonuçların İncelemesi
- Mailler geldiğinde mailde tahminen üç boyutlu yapının yüzde doğruluk değerleri verilir ve tahminlenen tersiyer yapının yüzde doksan güvenilirlikte olması beklenir.
- Mail içerisinde ikinci sıradaki linkten sonuç sayfasına gidilir ve sıkıştırılmış arşiv dosyası indirilir.
- Görsel PDB Black veya PDB White şeklindedir, çıkarılan görsele gen ismi verilir ve açıldığında alfa-helix ve beta tabakalı yapılar görülebilir.