Yapay zekadan makale özeti
- Kısa
- Ayrıntılı
- Bu video, Dr. Mustafa Şahin tarafından sunulan TUS sınavına hazırlanan öğrenciler için hazırlanmış bir eğitim kampıdır. Kamp, biyokimya konusunu basit bir şekilde anlatmayı amaçlamaktadır.
- Video, biyokimyaya giriş konusuyla başlayıp, bağlar, hücre yapısı, hücre organelleri, membran yapısı, membran lipitleri, proteinleri, madde taşınması, hücre taşıma sistemleri ve protein sentezi gibi temel biyokimya konularını kapsamaktadır. Kamp, 14-16 soru bandında soru yaparak biyokimyayı "soft" bir şekilde tekrar etmeyi ve öğrenmeyi hedeflemektedir.
- Videoda ayrıca hücre organellerinin marker enzimleri, membran protein bozuklukları, hücre taşıma hastalıkları (kistik fibrozis, I hücre hastalığı gibi) ve protein sentezinin yönlendirilmesi gibi sınavlarda çıkabilecek önemli konular detaylı şekilde ele alınmaktadır.
- Hızlı Tekrar Kampı Tanıtımı
- Bu dönem farklı bir formatla biyokimya kampı sunuluyor, diğer soru kampı devam ederken.
- Bu kampın amacı 14-16 soru bandında soru yapabilmek, ancak 22 soru bandını yakalamak için değil.
- Diğer kampta ise TUS'ta birebir çıkan, zor sorular yer alıyor.
- 02:13Bağ Türleri
- Bağlar güçlülüğüne göre kovalent ve nan kovalent olarak ikiye ayrılır.
- Kovalent bağlar çok güçlü, denatüre olmaz ve ortamın ısısını arttırarak çözülemez.
- Nan kovalent bağlar daha az güçlü, denatüre olabilir ve ortamın ısısını düzenleyerek kendiliğinden bir araya gelebilir.
- 03:29Bağ Türleri ve Özellikleri
- Nan kovalent bağlar arasında hidrojen bağları, hidrofobik etkileşimler, elektrostatik etkileşimler ve van der Waals bağları bulunur.
- Hidrojen bağlarında bir hidrojen çekirdeği, etrafındaki oksijen veya azot atomları üzerinden paylaşılmamış elektron çifti ile etkileşime girer.
- Elektrostatik etkileşimlerde artı ve eksi yükler birbirleriyle etkileşime girer, zıt kutuplar birbirini çeker.
- 06:24Ökaryotik ve Prokaryotik Hücreler
- Ökaryotik hücreler nükleer kılıfı (çekirdeği) olan, prokaryotik hücreler ise çekirdeği olmayan hücrelerdir.
- Prokaryotik hücreler küçük, zarlı organı yok ve ufacık dairesel DNA'sı vardır.
- Ökaryotik hücrelerde DNA'nın paketleme ihtiyacı vardır, bu işlem histon proteinleri tarafından yapılır ve nükleozom çekirdeği oluşur.
- 08:33Hücre Organelleri ve Marker Enzimler
- Hücre organelleri ve marker enzimler, hücreyi parçalayıp sıvı haline getirip, ultra santrifüj ile molekülleri yoğunluklarına göre ayırarak tespit edilir.
- Hücre membran markerları arasında sodyum-potasyum ATP enzimi, 500 nükleottidaz ve adillastik laz bulunur.
- Endoplazmik retikulum marker enzimi olarak glukoz-altı fosfataz ve sitokrom B5 redüktazı önemlidir.
- 12:17Mitokondriyal ve Diğer Organel Enzimleri
- Mitokondriyal enzimler arasında az ATP sentaz, NADH dehidrogenaz ve glutamat dehidrogenaz bulunur.
- Glutamat dehidrogenaz, mitokondriyal bir enzimdir ve insanoğlunda hem NAD hem de NADP kullanabilen tek enzimdir.
- Golgi'nin enzimleri arasında glikoz transferaz, galaktoz transferaz, sialik asit transferaz ve mannoida bulunur.
- 14:02Sitoplazmik Enzimler ve Membran Yapısı
- Sitoplazmik enzimler arasında G8PD (glukoz-altı-fosfat dehidrogenaz) ve laktat hiroganaz bulunur.
- Membran yapısı, içi ve dışı suyla dolu, ortası lipit olan bir yapıya sahiptir.
- Membran proteinleri ve karbonhidratları, hem hidrofilik hem de hidrofobik grupları bir arada bulunduran amfipatik moleküllerdir.
- 16:23Membran Lipitleri
- Membran lipitleri ikiye ayrılır: fosfatlı lipitler ve şekerli lipitler (glikolipitler).
- Fosfatlı lipitler arasında gliserol çatısı olanlara gliserol fosfolipitler, sfingozin çatısı olanlara ise sfingo lipitler denir.
- Sfingozin çatısını oluşturan lipitler, fosfatlı olup olmadığına bakılmaksızın sfingo lipitler olarak adlandırılır.
- 17:30Fosfatlı Lipitler
- Fosfatlı lipitler yapısında fosfat bulunduran lipitlerdir.
- Gliserol fosfolipitler gliserol çatısı bulunduran fosfatlı lipitlerdir.
- Gliserol çatısına yağ asitleri ester bağı ile bağlandığında monochil gliserol, diachil gliserol ve trichil gliserol oluşur.
- 18:14Fosfolipitlerin Yapısı
- Fosfat eklenerek fosfatitik asit oluşur ve bu gliser fosfolipitlerin çatısını oluşturur.
- Fosfatitik asit yerine alkol (kolin, serin, etanollamin, inozitol) eklenerek fosfatidil kolin, fosfatidil serin, fosfatidil etanollamin ve fosfatidil inozitol oluşur.
- Sfingozin endoplazmik retikulumda B6 gerektiren reaksiyonlarla sentezlenir ve yapısında serin aminoasit ve 16 karbonlu palmitat yağ asidi bulunur.
- 19:33Sfingozin ve Glikolipitler
- Sfingozine bir yağ asidi eklendiğinde seramid oluşur ve seramid hem fosfolipitlerin hem de glikolipitlerin ortak çatı olarak bulunur.
- Seramide fosfat ve kolin eklendiğinde sfingomyelin oluşur ve bu insanoğlunun tek sfingo fosfolipittir.
- Glikolipitlerde sfingozin ve seramid yapısına monosakkarit eklendiğinde serebrozitler oluşur ve bu özellikle beyindeki ve periferal sinir sistemi membranlarında bulunur.
- 21:02Glikolipitlerin Özellikleri
- Glukoz eklenerek glukozi seramid, galaktoz eklenerek galaktozi seramid oluşur ve galaktozi seramid özellikle miyelin kılıfının yapısında fazlaca bulunur.
- Galaktozi seramide sülfat eklendiğinde fosfat adenoz fosfa sülfat oluşur ve bu vücutta aktif sülfat donörü olarak çalışan moleküldür.
- Ganglozitlerde monosakkarit yerine oligosakkarit ve sialik asit bulunur, sialik asit en asetil nöroik asittir ve membran lipitleri içerisinde suda çözünürlüğü en yüksek olan moleküldür.
- 23:26Membran Yapısı
- Membran lipitleri fosfatlı lipitler ve glikolipitler olarak ikiye ayrılır, fosfatlı lipitler gliserro-fosfolipit ve sfingo fosfolipitler olarak sınıflandırılır.
- Plazma membranı yapısında en fazla kolesterol içeren zar, miyelin kılıf yapısında en fazla lipit içeren membrandır.
- Membran yapısında en fazla bulunan doymamış yağ asit oleik asit, en fazla bulunan doymuş yağ asit ise paniktik ve stearik asittir.
- 24:30Membran Proteinleri
- Membran proteinleri integral membran proteinleri ve periferal membran proteinleri olarak ikiye ayrılır.
- Integral membran proteinleri membranı boydan boya kat eder, zara orta kısmından hidrofobik etkileşimlerle tutunur ve antipatik olmak zorundadır.
- Periferal membran proteinleri membran'a içeriden ve dışarıdan bağlanır, sulu ortamdan genellikle hidrojen bağları ile bağlanır ve dış kısımdakiler reseptör, iç kısımdakiler enzim vazifesi görür.
- 26:15Membran Akışkanlığı
- Membran dinamik bir yapıdır ve akışkanlığı sıcaklık arttıkça artar.
- Serbest kolesterol arttıkça akışkanlık azalır, yağ asidi zincir uzunluğu azaldıkça akışkanlık artar.
- Doymamış yağ asitleri arttıkça akışkanlık artar ve 41 derece geçiş sıcaklığı üzerinde membran yapısı bozulur.
- 27:42Membranlardan Madde Taşınması
- Membranlardan madde taşınması iki türlü gerçekleşir: pasif transport ve aktif transport.
- Aktif transport enerji kullanırken, pasif transport enerji kullanmaz.
- Pasif transport ikiye ayrılır: basit difüzyon (taşıyıcı kullanmadan) ve kolaylaştırılmış difüzyon (transporter protein aracılığıyla).
- 28:57Pasif ve Aktif Transport
- Aktif transportta primer ve sekonder transport bulunur.
- Primer aktif transport taşıma esnasında ATP kullanırken, sekonder aktif transport taşıma esnasında ATP kullanmaz ancak sistemin devamı için ATP kullanmak zorundadır.
- Membranlardan geçirilebilirlik katsayısı en yüksek olan su ve gazlar, en düşük olan ise iyonlardır.
- 31:29Taşıma Şekilleri
- Molekül tek başına taşınıyorsa uniport, iki molekül ayrı ayrı taşınıyorsa kotransporttur.
- Kotransportta zıt yönlü taşınırsa antiport, aynı yönde taşınırsa simporttur.
- Primer aktif transportta taşınma esnasında ATP harcayan transporter bulunur, en önemli örneği sodyum potasyum ATP yazdır.
- 32:20Aktif Transporter Alt Tipleri
- P tipi aktif transporterlar arasında kalsiyum ATP azlar ve sodyum potasyum ATP azlar bulunur.
- F tipi aktif transporterlar arasında mitokondriyal ATP sentaz ve veziküllerde proton pompalayan ATP azlar vardır.
- ABC transporterlar arasında CFTR (kistik fibrozitin patofizyolojisinde rol oynayan) ve multiple drag rezistans proteini önemli örneklerdir.
- 33:37Sekonder Aktif Transport
- Sekonder aktif transportta taşıma esnasında ATP kullanılmaz ancak taşıma sisteminin devamı için sekonder bir bölgeden ATP harcanır.
- Karbonhidratların emiliminde kullanılan SGLT transporterları sekonder aktif transportun en önemli örneklerindendir.
- SGLT transporterları sodyum gradient kullanarak iki sodyum, bir glukoz veya iki sodyum, bir galaktoz şeklinde taşıma gerçekleştirir.
- 35:55Sekonder Aktif Taşıma ve Endositoz
- Bazolateral yüzünden glukoz ve galaktoz portal dolaşımı akar, ancak SGT-1 ile hücre içerisinde sodyum alındığında, sistemin devamı için sodyum gradyantını korumak gerekir.
- Sekonder aktif transport, taşıma esnasında değil, sekonlar farklı bir bölgeden sodyum gradyantını korumak için sistemin sirkülasyonu devamı için ATP harcayarak gerçekleşir.
- Reseptör aracılığı endositozda, membranda bulunan reseptörlere uygun moleküller bağlanır, cep oluşur ve vezikülün büyüklüğünü belirleyen clutrin indir.
- 37:49Reseptör Aracılığı Endositozda Taşınanlar
- Reseptör aracılığı endositozda özellikle lipoproteinler (LDL), glikoproteinler (B12 ve transferin), nörotrofik faktörler taşınır.
- Hücre beyazlardan (glukoz, sodyum, klor, bikarbonat, kalsiyum) hoşlanmaz, bu maddeler hücre içerisinde fazla bulunmaz.
- Hücre protein, fosfor, magnezyum ve potasyum sever.
- 40:22Membran Protein Bozukluklarına Bağlı Hastalıklar
- Kanpoloz, ailesel hiperkolesterol, kistik fibrozis, konjenital uzun küta sendromu ve bakır bağımlı ATP kodlayan gen mutasyonları membran protein bozukluklarına bağlı hastalıklardır.
- Menk hastalığında bakır azalırken, bakır bağımlı ATP kodlayan gen mutasyonunda bakır birikir.
- ENA eti glukozamin fosfor transferaz eksikliğinde Aysel hastalığı, manoz-altı fosfat sinyali eklenmediği için inklüzyon hücre hastalığı görülür.
- 42:15Kistik Fibrozis
- Kistik fibrozis, klor kanallarında defekt olan bir hastalıktır; CFTR proteini kodlayan gen mutasyonu nedeniyle lümene klor, sodyum ve su gidemez.
- Akciğerde lümende kuraklık oluşur, mukus tıkaçları oluşur ve pisodomonas, saf gibi bakteriler ile sepsi gibi patolojiler ortaya çıkar.
- Pankreasta sindirim enzimlerinin egzotin kanallara gönderilememesi sonucu steatore tablosu oluşur ve A, D, E, K vitamini eksikliği görülür.
- Epididimde spermlerin hareketlilik kazandığı bölgede kuraklık oluşur, erkek kistik fibrozisi hastalarının %90'ı infertil olurken, kadınlarda bu oran %10 civarındadır.
- Kistik fibrozis tanısı ter testi ile koyulur ve Türkiye'de taraması yapılan hastalıklardan biridir.
- 45:06Protein Sentezi ve Yönlendirme
- Proteinlerin hücre içine ve dışına gönderilmesi için sinyal molekülleri kullanılır.
- Amino terminal sinyal peptidi olan proteinler endoplazmik retikuluma yönlendirilir.
- Karboksi terminal kıdel dizisi endoplazmik retikulum lümenine yönlendirilir.
- 46:28Serbest ve Membrana Bağlı Ribozomlar
- Hücre dışına gönderilecek proteinler membrana bağlı ribozomlarda sentezlenir.
- Membrana bağlı ribozomlarda endoplazmik retikulum, golgi, plazma membran proteinleri ve lizozomal enzimler sentezlenir.
- Geri kalan proteinler serbest sitoplazmik ribozomlarda sentezlenir.
- 47:32Endoplazmik Retikuluma Yönlendirme Mekanizması
- Sinyal peptidi çıktığında, sinyal tanıyan protein (SRP) protein sentezini durdurur.
- SRP, ribozomu endoplazmik retikuluma götürür ve SRP reseptörü ile bağlanır.
- Sentez bittikten sonra peptidaz molekülüyle protein parçası kesilir ve endoplazmik retikuluma aktarılır.
- 50:05Sekretuar Yolak ve Golgi
- Sekretuar yolak, hücre içerisinde sentezlenip hücre dışarısına gönderilecek proteinlerin geçmiş olduğu aşamalardır.
- Hücre dışına gönderilecek proteinler pre-pro protein olarak sentezlenir.
- Golgi, proteinlerin basit temel modifikasyonlarını yapar ve ileri modifikasyon ve paketleme işlemi gerçekleştirir.
- 52:19Golgi ve Endoplazmik Retikulum Arasındaki Veziküller
- Golgi ile endoplazmik retikulum arasında molekül taşıyan veziküller vardır.
- Cis ve trans veziküller vardır; cis veziküller endoplazmik retikulumu Golgi'ye geri taşır.
- Trans veziküller Golgi'yi endoplazmik retikuluma ileri taşır.
- 53:52Lizozomal Depo Hastalığı
- Golgi'nin endoplazmik retikulumu bakan kısmı cis kısmı, plazma membrana bakan kısmı trans kısmıdır.
- Lizozomal enzimler sentezlenip üzerine manoz-6 fosfat sinyali eklendiğinde lizozoma yönlendirilir.
- Manoz-altı fosfat sinyali takılmayan lizozomal enzimler endozom içerisinde birikir ve bu durum lizozomal depo hastalığı olarak adlandırılır.