• Buradasın

    Biyoinformatik ve Sağlık Bilişim Hakkında Bilgilendirici Sunum

    youtube.com/watch?v=pr930ccPzLw

    Yapay zekadan makale özeti

    • Bu video, Sakarya Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği 1. sınıf öğrencisi Şule Koç ve Alihan adlı bir kişinin yer aldığı bilgilendirici bir sunumdur.
    • Sunum, biyoinformatikin tanımı, tarihçesi ve temel amaçlarıyla başlayıp, uygulama alanlarını (homologları bulma, gen ekspresyon analizi, protein modelleme, karşılaştırmalı genomik, kanser araştırmaları) detaylı şekilde ele almaktadır. Ardından biyolojik veri bankaları tanıtılmakta ve COVID-19, meme kanseri gibi güncel biyoinformatik çalışmaları paylaşılmaktadır. Son bölümde ise sağlık bilişim alanında eğitim imkanları ve Mavi Durak adlı yazılım topluluğu hakkında bilgiler verilmektedir.
    • Sunumda ayrıca Türkiye'de Kadir Has Üniversitesi'nde biyoenformatik ve genetik alanında yüksek lisans ve doktora programları bulunduğu belirtilmekte ve Mavi Durak topluluğunun Sakarya Üniversitesi'nde faaliyet gösteren, mentorluk ekibi olan ve her cuma günü toplantılar düzenleyen bir bilişim topluluğu olduğu açıklanmaktadır.
    00:11Konuşmacının Tanıtımı
    • Şule Koç, Sakarya Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği 1. sınıf öğrencisidir.
    • Biyolojiyle ilgilenen Şule, 2018 Uluslararası Biyoloji Öğrenci Kongresi'nde Alzheimer hastalığında biyoteknolojik tedaviler bildirisiyle kabul edilmiştir.
    • 2019'da İstanbul Medipol Üniversitesi Geleceğin Bilimi Formu'na aynı projeyle poster bildiri olarak kabul edilmiştir.
    04:26Biyoinformatik Nedir?
    • Biyoloji genellikle mikroskoplarla ölü hücreleri incelerken, biyoinformatik canlı hücreleri ve kimyasal süreçleri izlemeyi sağlar.
    • Biyoinformatik, biyolojik verilerin derlenmesi ve analiz edilmesi bilimi olarak tanımlanabilir.
    • Biyoinformatik, biyoloji, tıp, bilişim, matematik ve biyo-istatistiğin sonucu doğan yeni ve disiplinlerarası bir uygulamalı bilim dalıdır.
    06:33Biyoinformatikin Doğuşu ve Önemi
    • Biyoinformatikin doğuşunda iki ana sebep vardır: verilerin artışında bir patlama olması ve bilgiyi organize etmek için güçlü araçlara ihtiyaç duymamız.
    • Bilgi çoğaldıkça sorulan sorular karmaşıklaşıyor ve insan beyninin kapasitesini zorlayacak sorulara geldik.
    • Biyoinformatik, biyoloji ve bilgisayar bilimleri arasında bir köprü kurarak verilerin etkin bir şekilde toplanmasını ve adımların hızlandırılmasını sağlar.
    09:31Biyolojinin Bilişim olmadan Çözemediği Noktalar
    • Biyolojinin en karmaşık olarak nitelendirilebilecek noktaları transkripsiyon regülasyonu, hücresel aktivite, gelişimsel organizasyon, hücresel iletişim ve sistemlerin sinyalleri ve karşılıklı etkileşimidir.
    • Biyoinformatik, bu karmaşık sistemleri anlamak için modeller geliştirmeyi ve görselleştirmeyi amaçlar.
    09:54Biyoinformatikin Amaçları
    • Biyoinformatikin en büyük amacı bilişim teknolojilerinin kullanılmasıdır.
    • Üç boyutlu yapısal moleküller ve veri tabanlarının oluşturulması, veri madenciliği ve metin madenciliği çalışmaları, aktif moleküllerin araştırılması gibi amaçlar vardır.
    • Bilgisayar ile otomize edilmiş veri analizleri, çeşitli simülasyonlar ve karşılaştırılma yapacak algoritmalar geliştirilir.
    10:37Biyoinformatikin Tarihçesi
    • Biyoinformatikin tarihi 1960'lara kadar gider ve başlangıcı bilgisayarla moleküller grafiğin çizimi olarak kabul edilir.
    • İlk olarak National Center for Biotechnology Information'ın kuruluşu olarak kabul edilebilir ve bu insan genom projesinin başlangıcıdır.
    • Biyoinformatikin ortaya çıkmasıyla protein dizim çalışmalarında elde edilen veriler için bir veri bankası oluşturulmuş ve veri artışında inanılmaz bir ivme kazanılmıştır.
    12:19Biyoinformatikin Temel Hedefleri
    • İlk hedef verilerin depolanmasıdır; mevcut verilerin araştırmacıların ulaşabileceği ve yenilerini oluşturdukça yükleyebileceği şekilde düzenlenmesi gerekir.
    • İkinci hedef araç geliştirmektir; bunun için çeşitli algoritmalar kullanılır, örneğin aminoasit dizisi karşılaştırması yapan BLAST algoritması.
    • Üçüncü hedef verileri analiz etmektir; biyolojik açıdan anlamlı bir şekilde analiz etmek için biyo-istatistikten faydalanılır.
    13:26Biyoinformatikin Önemi
    • Bilgisayar bilimi ve biyoloji arasındaki beklenmedik birlik, hayatın kendisinin bir bilgi teknolojisi olduğunu gösteren örneklerden biridir.
    • Biyoinformatikin hedefleri; hızla gelişen ve artan bilgiyi toplamak, yönetmek, dağıtmak ve bilgiye en hızlı ve kolay biçimde ulaşılmasını sağlamaktır.
    • Çok karmaşık yapıda olan biyolojik sistemleri incelemek ve çözebilmek biyoinformatikin önemli hedeflerinden biridir.
    14:20Biyoinformatikin Uygulama Alanları
    • Biyoinformatikin ilk uygulama alanı homologları bulma ve biyomoleküller arasında benzerlikler aramasıdır, özellikle protein türdeşlerini tanımlamada kullanılır.
    • Genler ve proteinler için sekans analizi, DNA sekanslarının veri bankalarında kodlanması ve depolanması, gene ekspresyon analizi çalışmaları ve protein üç boyutlu modellemeleri biyoinformatikin önemli uygulamalarıdır.
    • Karşılaştırmalı genomik araştırmalar, evrim araştırmaları, regülasyon analizi, kanser çalışmaları, biyolojik sistemlerin modellenmesi ve rasyonel ilaç geliştirilmesi biyoinformatikin önemli uygulama alanlarıdır.
    17:08Biyoinformatikin Veri Tabanları
    • Biyoinformatikin en önemli işlevlerinden biri çoklu veri kaynaklarından elde edilen bilgilerin birleştirilmesidir.
    • Bibliyografik veritabanları, taksonomik veritabanları, nükleotit dizisi, genomik veritabanları, protein dizisi ve DNA veritabanları biyoinformatikte kullanılan önemli veritabanlarıdır.
    • Biyolojik veri bankaları, moleküler biyoloji ve biyoinformatik alanındaki çalışmaların hızlanmasına katkıda bulunmakta ve son Nobel Ödülü'nün CRISPR-Cas yöntemine gittiği belirtilmektedir.
    19:26Biyoinformatikin Algoritmaları ve Önemi
    • Biyoinformatikte protein dizilimleri için Uniport, protein aileleri için Interpro, yapısal veri tabanları için Protein Databank, analiz aracı olarak Biomar, dizi hizalamada ve karşılaştırmada BLAST gibi farklı algoritmalar kullanılmaktadır.
    • Biyoinformatik biyolojik araştırmalara yeni bir boyut ve derinlik kazandırmış, bilim dünyasındaki yeri giderek önem kazanmış ve yeni bir bilim dalı olarak kabul edilmektedir.
    • Biyoinformatik, pek çok sistem arasında geçerli olan ortak ilkeleri ortaya çıkarmakta ve bazı sistemlerin kendine özgü özelliklerini vurgulamak amacıyla bilişim ve biyoloji arasındaki özelliklerini vurgulamaktadır.
    21:16Biyoinformatikin Önemli Çalışmaları
    • COVID-19 ile ilgili yeni bir hipotez geliştirilmiş, iki buçuk milyar genetik kombinasyonu incelenmiş ve Brachi adlı doğa bir kimyasal bileşiminin kan basıncını regüle ettiği keşfedilmiştir.
    • Meme kanseri için biyoinformatikten faydalanılarak Mikrodizin adında veri tabanlı halka açık bir veri tabanı oluşturulmuş ve yeni bir biyobelirteç bulunması hedeflenmektedir.
    • Harvard Üniversitesi, bir bakteri hücresinin bağışıklık sistemini kullanarak veri depolamanın yöntemi keşfetmiş, yaklaşık yüz byte'lık bir veri depolamış ve bir şiir mısrası yazmıştır.
    23:57Canlı Hücrelerde Veri Depolama
    • Canlı bir hücreye video kaydedip daha sonra oynatma başarılmıştır.
    • Bilgisayar iki'lik sistem üzerine yazılısı iken, canlı hücrelerde dört'lük sistem (adenin, guanin, sitozin ve timin) üzerine veri yazılmaktadır.
    • Ham verilerin elde edilmesinden sonra kullanılacak algoritmalarla kısaltmalar yapılabilmekte ve canlıya biyolojik açıdan zararlı olabilen fazla sayıdaki tekrar dizilerden kurtulunabilmektedir.
    28:35Biyoenformatik ve Genetik Alanı Hakkında Bilgiler
    • Türkiye'de sadece Kadir Has Üniversitesi'nde biyoenformatik ve genetik bölümü bulunmaktadır.
    • Bu alan daha çok yüksek lisans ve doktora seviyesinde ele alınmaktadır.
    • Biyoenformatik ve genetik alanında moleküler biyoloji bilgisi gereklidir.
    29:32Kullanılan Yazılım Araçları
    • Biyoenformatik alanında Miniports, Interpro Blast ve Ensembly gibi algoritma programları kullanılmaktadır.
    30:42Tavsiyeler ve İletişim
    • Sağlık bilişimlerine yönelmek ve yüksek lisans yapmak önerilmektedir.
    • Kadir Has Üniversitesi'nde bu konuda çalışmalar yapılmaktadır.
    • Üst düzey biyoloji bilgisi ve genetikte lisans bilgisi gereklidir.
    34:22Mavi Durak IO Yazılım Topluluğu
    • Mavi Durak IO, Sakarya Üniversitesi merkezli bir yazılımcı topluluğudur.
    • Toplulukta mentorluk ekibi bulunmaktadır ve çeşitli etkinlikler düzenlenmektedir.
    • Her cuma günü toplantılar düzenlenmekte ve Twitter üzerinden katılım linkleri paylaşılmaktadır.
    37:15Topluluk Etkinlikleri ve İletişim
    • Toplulukta mobil geliştirme, web geliştirme ve bitcoin gibi konularda etkinlikler düzenlenmektedir.
    • Her cuma günü rutin olarak haftalık toplantılar düzenlenmektedir.
    • Topluluk herkese açık olup, Discord kanalı üzerinden iletişim kurulabilir.

    Yanıtı değerlendir

  • Yazeka sinir ağı makaleleri veya videoları özetliyor