El-Ezher Üniversitesi'nin sahibi olarak bir kişi belirtilemez, çünkü üniversite, Mısır'ın en eski lisans veren üniversitesi olup, "Sünni İslam'ın en prestijli üniversitesi" olarak ünlenmiştir. El-Ezher Üniversitesi'nin yönetimi, "şeyh" olarak anılan bir rektör tarafından yürütülmektedir. Üniversite, ayrıca, yaklaşık iki milyon öğrencisi olan ulusal bir okul ağını da yönetmektedir.