Tokyo Ghoul:re 3. sezonda, hikaye Tokyo Ghoul'un kaldığı yerden, 2 yıl sonrasında devam ediyor. Ana olaylar: - Haise Sasaki adında yeni bir karaktere odaklanılıyor; bu karakter, aslında Ken Kaneki olup, CCG'nin dedektifi olmuştur. - Quinx Squad adlı, ghoul kakuhous'u kontrol eden ve insan eti iştahı olmadan güç kaguneleri üretebilen bir grup yeni karakter tanıtılmıştır. - Torso ve Orochi gibi ghoullarla olan savaşlar ve CCG içindeki işyeri politikaları ve önyargı gibi konular işlenmektedir. Sezon, ilk manga hikayesine daha yakın bir anlatım sunarak, iki farklı hikayeyi (ghoullar ve g-menler) birleştirmeyi başarmaktadır.