Divinity: Dragon Commander oyununun konusu, Divinity serisinin uzak geçmişinde geçmektedir. Oyunun hikayesi şu şekilde özetlenebilir: İmparatorun çocukları, dünyaya steampunk tarzı teknoloji tanıtmalarını sağlayan bir şeytan ile anlaşma yapar. Oyuncu karakteri, kalan tek saf mirasçı olarak şeytani teknolojiyi imha edebilmek için savaşa katılır. Zaman zaman elçiler ve generallerin siyasi ve kişisel meseleleriyle karşı karşıya kalır. Her biri kabaca siyasi bir bakış açısını temsil eden insan olmayan ırklar (Ölmemişler, Elfler, Cüceler, Kertenkele ve Imp'ler) ile ilişkileri, verdiği kararlara bağlıdır.