Divinity: Dragon Commander oyununun konusu, binlerce yıl önce geçen ve diğer Divinity oyunlarından bağımsız bir hikayeye sahiptir .
Oyunun ana karakteri, yarı ejderha yarı insan olan ve imparatorluğun parçalanmasının ardından tahta geçmeye çalışan bir prenstir . Amacı, imparatorluğu yeniden birleştirmek ve yeni imparator olmaktır .
Hikaye boyunca, oyuncu çeşitli siyasi kararlar alır ve farklı ırklardan temsilcilerle etkileşimde bulunur . Ayrıca, ejderha formuna girerek savaşlara katılır ve birliklerine destek olur .