Darkest Dungeon 2 hikayesi, Scholar adlı bir karakterin, Iron Crown adlı bir eldritch artifactının neden olduğu felaketlerin sonuçlarını geri alma arayışını konu alır. Olayların özeti: 1. Deneyler ve Felaket: Scholar, kendi deneyleri sırasında Iron Crown'un güçlerini serbest bırakır ve dünya bir "gerçek eksen kayması" yaşar, bu da insanlığın büyük bir kısmının deliliğe kapılmasına ve Eldritch varlıklarının fiziksel dünyaya girmesine neden olur. 2. Misyon: Scholar'ın akıl hocası The Academic, ona Hope Flame ile Donanmış olarak, dünyadaki kötülüğü yok etmek ve hataları ile yüzleşmek için The Mountain'a gitmesini emreder. 3. Yolculuk ve Savaşlar: Scholar, dört kahramandan oluşan bir parti kurar ve çeşitli bandit, cultist ve canavarlarla savaşarak dağa doğru tehlikeli bir yolculuğa çıkar. 4. Kabul ve Kurtuluş: Yolculuk sırasında, Scholar ve kahramanlar, kendi geçmişlerini ve motivasyonlarını öğrenir ve sonunda Eldritch canavarını yenerek, Iron Crown'u kontrol altına alıp verdiği zararı geri almak için kullanırlar.