Nier: Automata ve Nier Replicant arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Hikaye ve Yan Görevler: Replicant, daha doğrusal bir hikayeye ve tekrarlayan yan görevlere sahiptir. 2. Savaş Mekaniği: Replicant'ta sadece üç tür silah (Tek Elli Kılıçlar, İki Elli Kılıçlar ve Mızraklar) bulunurken, Automata'da dört kategori (Küçük Kılıçlar, Büyük Kılıçlar, Mızraklar ve Savaş Bilezikleri) silah çeşitliliği sunar. 3. Görsel Estetik: Replicant, daha çocuksu bir hayal gücü ve yarı karanlık bir fantezi sunarken, Automata karanlık bir akademi, gotik noir ve bilim kurgu atmosferine sahiptir. 4. Yeni Oyun+ (New Game+): Replicant, New Game+ özelliğini kullanarak aynı kaydetme dosyasında Part I'i tekrar oynamayı engeller.