Afrika penguenlerinin sindirim sistemi, insan sindirim fizyolojisine benzer şekilde çalışır. Sindirim süreci şu şekilde gerçekleşir: 1. Ağız ve Yemek Borusu: Penguenler, yedikleri besinleri ağızlarından yemek borusuna geçirirler. 2. Mide: Yemek borusundan gelen besinler mideye ulaşır ve burada mide asidi ve enzimler tarafından sindirilir. 3. Taşlık ve Bağırsak: Sindirilen besinler, taşlık ve bağırsakta daha da parçalanır ve emilir. 4. Karaciğer ve Pankreas: Karaciğer ve pankreas, sindirim sürecine yardımcı olmak için enzimler ve salgılar üretir. Ayrıca, penguenlerin sindirim sistemleri, fazla tuzu uzaklaştıran bir bez içerir, bu sayede deniz suyu ile yutulan tuzu atarlar ve tatlı su içmeye gerek kalmaz.