Majör ve minör ozon tedavisi arasındaki temel fark, uygulama yöntemidir. Majör ozon tedavisi, hastanın kanının 100 cc'sinin alınarak steril bir ortamda ozon gazı ile karıştırılması ve ardından tekrar aynı damar yolundan kişiye geri verilmesi işlemidir. Minör ozon tedavisi ise, kişiden alınan 2,5 cc kanın ozonla karıştırıldıktan sonra kas içine enjekte edilmesi yöntemidir.