Örümcek Adam 3 filminde dört ana kötü karakter bulunmaktadır: 1. Kumadam (Sandman): Flint Marko tarafından canlandırılan bu karakter, hapishaneden kaçarken deneysel bir parçacık hızlandırıcıya düştükten sonra fiziksel güçler kazanır. 2. Venom: Çizgi romanın unutulmaz kötülerinden biri olan Venom, Örümcek Adam'ın güçlerinin aynısına sahip olup bunları kötülük için kullanır. 3. Yeni Goblin (Green Goblin): Harry Osborn tarafından canlandırılan bu karakter, süper asker serumunun başarılı olduğunu kanıtlamaya çalışırken kendisine bir formül enjekte eder ve insanüstü bir tehdit haline gelir. 4. Kostümün içindeki kötülük: Siyah kostümü giyen Örümcek Adam, bu kostümle daha hızlı, güçlü ama aynı zamanda kibirli ve saldırgan olur.