X2: X-Men United filmi, mutantların yok edilmesini amaçlayan bir bilim insanı olan Colonel William Stryker'ın saldırılarına karşı X-Men'in mücadelesini anlatıyor. Hikaye, God Loves, Man Kills adlı çizgi romandan esinlenerek yazılmıştır. Özet olarak: - Stryker, mutantları izlemek ve hepsini yok etmek için Profesör Xavier'in mutant tespit bilgisayarı Cerebro'yu kullanmayı planlar. - X-Men, Stryker'ın planlarını durdurmak ve mutant ırkını kurtarmak için Magneto ile geçici bir ittifak kurar. - Gecegezen (Nightcrawler), başkanın hayatına kasteder ve bu, mutantlara karşı halkın korkusunu ve anti-mutant sentimentini artırır. - Jean Grey, X-Men'i kurtarmak için kendini feda eder.