"Mission: Impossible - Son Hesaplaşma", "Varlık" olarak bilinen parazit yapay zekanın hâlâ serbest ve küresel siber uzaya bulaşmış durumda olduğu bir dünyada, Ajan Hunt ve ekibinin hikayesini anlatıyor. Filmin konusu: "Ölümcül Hesaplaşma Birinci Bölüm"ün bıraktığı yerden devam eder. Ethan Hunt ve ekibi, yanlış ellerde dünyanın sonunu getirebilecek olan "Varlık" adlı yapay zekaya ulaşmaya çalışır. Ethan, bu mücadelede sadece dünyayı kurtarmakla kalmaz, aynı zamanda geçmişteki hesaplaşmaları da sonlandırmak zorundadır. Film, serinin sekizinci ve son filmi olup, Ethan Hunt’ın hikayesine veda etmeyi amaçlar.