"Mission: Impossible - Son Hesaplaşma" filmi, "Mission: Impossible - Ölümcül Hesaplaşma Birinci Bölüm"ün kaldığı yerden devam ediyor. Filmin konusu: Ethan Hunt ve ekibi, yanlış ellerde dünyanın sonunu getirebilecek bir yapay zekâ programı olan "Varlık"a ulaşmaya çalışıyor.